در سال ۱۲۸۶ هجری شمسی مرحوم حیدر علی خان عزالملک در محل فعلی بیمارستان یک مریضخانه احداث نمود و نصف درآمد حاصل از عایدات یک روستا در منطقه درود زن را وقف درمان بیماران بی بضاعت آن نمود. در سال ۱۳۲۲ توسط شهرداری وقت در این محل یک بیمارستان مجهز احداث گردید.
بیمارستان شهید دکتر فقیهی در سال ۱۳۲۲ با نام بیمارستان سعدی تأسیس شد. یکی از بنیانگذاران این بیمارستان که به یکصد تختخوابی معروف بود، مرحوم علی اصغرخان حکمت شیرازی است که از بودجه اداره صحیه و شهرداری شیراز آن را ساخت. ایشان در خاطرات ۲۷ اسفند ۱۳۲۳ چنین می نویسد:

«بیمارستان سعدی؛ این بیمارستان به موجب نذر عهدی که به درگاه الهی نمودم و خداوند توفیق فرمود در سال ۱۳۱۸ بانی شدم. در آن تاریخ به خدمت وزارت کشور مشغول بودم و امور صحیه نیز جزو آن وزارت بود. در سال ۱۳۱۷ روزی در باباکوهی متوجه شدم که شیراز بیمارستانی که کفاف حاجات فقرا و بیماران بینوا را نماید ندارد. با خداوند عهد کردم که هرگاه موفقیتی حاصل شود، به ساختن عمارت مخصوص بیمارستان اقدام نمایم. این آرزو برآمد. نقشه آن را که برای یک بیمارستان مکمل یکصد تختخوابی تهیه شده بود، از طرف مهندس سیرو فرانسوی ترسیم و از بودجه اداره صحیه و شهرداری شیراز پرداخته شد.»

ایشان داستان ساخت بیمارستان را در یادداشتهای روز سوم فروردین ۱۳۲۷ خود، در ضمن کتاب «ره آورد حکمت» که بخشی از یادداشتهای روزانه او است، چنین گزارش کرده است:

«این بیمارستان که به یکصد تختخوابی معروف است، در سال ۱۳۱۷ که در شیراز مهجور و منزوی بودم - پس از آنکه رضا‌شاه بر حکمت خشم گرفت و او را از وزارت فرهنگ و معارف و صنایع مستظرفه بر کنار ساخت و حکمت از بیم به شیراز گریخت - نذر کردم و خداوند توفیق داد در سال بعد (۱۳۱۸) آن را شروع کردم و اکنون بیمارستان آبرومندی است که دکتر قربان، رئیس بهداری، آن را اداره می نماید و چندین نفر از دکترهای جوان در آنجا مشغول به کار هستند و آموزشگاه بهداری که شعبه ای از دانشکده طب تهران می‌باشد و برای طبابت جوانان را تربیت می نماید نیز دایر است. در آنجا سالن تشریح و کتابخانه نیز دارند. در امانت و دقت حکمت همین بس در سال بعد که به شیراز می‌آید، از توسعه بیمارستان شاد می‌شود و در یادداشتهای روز ۲۳ آذر ۱۳۲۸ خود می‌افزاید که: امروز صبح ساعت ده به مریض خانه سعدی رفتم، بنای رفیع و محکم به همت آقای دکتر قربان رئیس بهداری ساخته ‌شده ‌است که در آنجا دانشکده پزشکی دایر نمایند، بسیار مسرور شدم.»

بیمارستان سعدی در سال ۱۳۲۵ به آموزشگاه عالی بهداری واگذار گردید که پس از تأسیس دانشکده پزشکی در سال ۱۳۲۸ به دانشکده پزشکی پیوست. بیمارستان با ریاست دکتر ذبیح الله قربان و با تشکیل چند بخش بستری فعالیت خود را شروع کرد:

• بخش داخلی با ۳۲ تخت به ریاست دکتر ابوالحسن دهقان
• بخش جراحی با ۴۳ تخت به ریاست دکتر محمود صدریه
• بخش چشم پزشکی با ۳۰ تخت به ریاست دکتر نصرت الله بیدل
• بخش زنان و زایمان با ۲۲ تخت به ریاست مهدی سیفی
• بخش اطفال با ۲۵ تخت به ریاست حسین خراسانی قدیمی

بخش جراحی ابتدا شامل بخش های جراحی عمومی، جراحی ارتوپدی، جراحی یورولوژی، جراحی زنان و جراحی مغز و اعصاب بود و پس از آن جراحی اطفال، جراحی پلاستیک و سوختگی اضافه گردید و بتدریج بخش زنان بصورت بخش مستقل از جراحی درآمد. نخستین گام در جهت تشکیل بخش جراحی پس از تأسیس دانشکده پزشکی در سال ۱۳۲۸ برداشته شد که با حضور آقایان دکتر محمد تقی میر، دکتر محمود صدریه، دکتر مهدی سیفی و دکتر حسنعلی فاتح نژاد آموزش دانشجویان و سپس دستیاران جراحی موجودیت یافت و با ۲۵ تخت که در مجموع شامل بیماران جراحی عمومی، ارتوپدی، یورولوژی و زنان بود، شروع به فعالیت نمود.

در اواسط سال های ۱۳۲۵ تا ۱۳۲۷ اولین بخش چشم پزشکی شامل بخش بیماران بستری با حدود ۳۰ تخت و درمانگاه بیماران سرپایی در بیمارستان سعدی شیراز ایجاد شد. این بخش مسئولیت آموزش اولین دوره های دانشجویان پزشکی را در شیراز به عهده داشته است.

بخش داخلی با مدیریت مرحوم آقای دکتر ذبیح الله قربان و همکاری استادان دکتر ابوالحسن دهقان، دکتر ابوالقاسم صحت و پرفسور دانا حائری پایه گذاری شد.

بخش اتفاقات در سال ۱۳۴۲ با همکاری اداره کل بهداری استان فارس برای معالجه بیماران فوری و مصدومین تصادفات و سوانح تأسیس گردید. بخش اتفاقات مجهزترین مرکز اورژانس شهر شیراز بوده و در تمام مدت ۲۴ ساعت آماده خدمت به بیماران فوری (بدحال) و مجروحین تصادفات و سوانح از قبیل سیل، آوار، تصادف با وسایل نقلیه و غیره بوده است.

در دهه ۱۳۳۰ مرحوم خورشید کلاه قوامی (عروس مرحوم عزالملک) درمانگاهی در بیمارستان احداث نمود که تا قبل از نوسازی بیمارستان پابرجا بود. درمانگاه های بیمارستان سعدی شامل تخصص های جراحی، داخلی، مامایی، اعصاب، پوست، قلب، کودکان، گوش و حلق و بینی، پانسمان و بخشهای رادیولو‍ژی، بانک خون و آزمایشگاه می باشد.

در سال ۱۳۴۶ گام موثری در راه توسعه بیمارستان برداشته شد و ساختمان بخش کودکان با ۵۰ تختخواب، بخش خصوصی با ۲۰ تختخواب و تالار تاجگذاری با گنجایش ۳۰۰ صندلی و مجهز به وسایل سمعی بصری و سینما انجام پذیرفت.

در سال ۱۳۴۸ تغییرات اساسی در اتاق های عمل بیمارستان سعدی به عمل آمد و اتاق های مزبور با جدیدترین وسایل جراحی و دستگاه های بررسی حال بیماران (سیستم مانیتورینگ) مجهز و برای انجام عمل های جراحی بزرگ از قبیل جراحی قلب باز، تعویض کلیه و مانند آن آماده گردید. همچنین بیمارستان به دستگاه کلیه مصنوعی مجهز گردید که با استفاده از این وسایل چندین عمل تعویض کلیه انجام شد.

در سال ۱۳۴۹ گام موثر دیگری در پیشرفت بیمارستان برداشته شد و ساختمان بخش قلب و ریه که مجهز به دستگاه های کاتتریزاسیون قلب می باشد، خاتمه یافت. با افتتاح این بخش که مجهز به جدیدترین وسایل تشخیص بیماری های قلب می باشد، مقدمات جراحی های قلب باز از هر حیث فراهم شد و چندین عمل جراحی قلب باز با موفقیت کامل انجام شد.

در سال ۱۳۵۳ بخش پوست به ریاست دکتر منوچهر سدیفی آغاز به کار کرد.

پس از پیروزی انقلاب شکوهمند اسلامی و در ابتدای دهه شصت، در پی ترور جناب آقای دکتر سید ابراهیم فقیهی که از رزیدنت های مسلمان، معتقد و انقلابی رشته ارتوپدی بوده و در این مرکز در حال فعالیت بودند، با اقدام دانشجویان دانشگاه علوم پزشکی شیراز نام این مرکز از بیمارستان سعدی به بیمارستان شهید دکتر فقیهی تغییر یافت.